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電子帳簿保存法のシステム要件とは?要件緩和と導入しない対策を解説

電子帳簿保存法のシステム要件とは?要件緩和と導入しない対策を解説

電子帳簿保存法のシステム要件とは?要件緩和と導入しない対策を解説

電子帳簿保存法のシステム要件とは?要件緩和と導入しない対策を解説

最終更新日

電子帳簿保存法のシステム要件や要件緩和のルールについて、2026年現在の最新情報をもとに解説します。システム導入しない場合の事務処理規程による代替運用など、実務担当者が直面する課題解決に向けた具体的な判断基準や失敗パターン、企業の成功事例を網羅しました。自社の対応状況と照らし合わせながら読み進めてください。

電子帳簿保存法のシステム要件や要件緩和、導入しない場合の対策について、攻めのDXや業務効率化の視点を交えて解説するインフォグラフィック。

電子帳簿保存法とは?改正による変更点とシステム化の必要性

本記事のポイント:

  • 電子取引データの保存は、企業規模を問わずすべての事業者に完全義務化されています。

  • 2024年1月以降、宥恕措置は終了し、電子取引データ保存の要件が厳格化された「猶予措置」へ移行しています。法改正の動向を継続的に確認し、自社の対応状況を随時見直すことが重要です。

  • 前々年売上高が5,000万円以下の事業者であれば、一定の条件のもとで検索要件を免除する「要件緩和」が適用されます。

  • システムを導入しない場合でも、国税庁推奨の「事務処理規程」の備え付け等により適法な運用が可能です。

電子帳簿保存法は、税法によって紙での保存が義務付けられていた帳簿や国税関係書類について、一定の要件を満たした上でデジタルデータとして保存することを認める法律です。本制度は「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3つの区分に分かれており、特に電子取引データ保存に関しては、2024年の完全義務化以降、すべての企業に対応が求められています。

電子帳簿保存法を構成する3つの区分

電子帳簿保存法は、データの性質によって以下のように区分されており、それぞれの性質に合わせてシステム対応の要否を検討する必要があります。

区分

主な対象書類

義務化の有無

電子帳簿等保存

会計ソフトで自社が作成した仕訳帳、総勘定元帳、売上台帳など

任意(優良帳簿の要件を満たすと過少申告加算税の軽減措置あり)

スキャナ保存

取引先から紙で受け取った領収書、請求書、見積書など

任意(カラー保存要件、タイムスタンプや解像度要件に注意)

電子取引データ保存

メール添付のPDF請求書、Webサイトからダウンロードした領収書など

すべての事業者に完全義務化

2025年・2026年最新動向:デジタルシームレス制度と優遇・罰則の厳格化

2023年まで認められていた「やむを得ない事情による宥恕(ゆうじょ)措置」はすでに終了しており、2024年1月1日からは要件が厳格化された「猶予措置」へと移行しています。猶予措置の適用を受けるためには、税務調査等の際に電子取引データを速やかに提示・出力できる整然とした保存体制と、保存できなかったことについて相当の理由があることが必要です。なお、税制改正により電子化促進に向けた各種優遇措置の検討が継続して行われていますが、具体的な制度の詳細や適用要件については、国税庁の公式発表や所轄税務署、または税理士等の専門家にご確認ください。

電子帳簿保存法のシステム要件と要件緩和の最新基準

真実性の確保(改ざん防止の仕組み)

真実性の確保とは、保存されたデータが後から改ざんされていないことを客観的に証明するための仕組みです。以下のいずれかの措置を講じる必要があります。

  • 送信側または受信側でのタイムスタンプ付与

  • データの訂正・削除履歴が残る(または訂正削除ができない)システムの利用

  • 不当な訂正削除を防止するための「事務処理規程」の策定と備え付け

可視性の確保(取引を検索し表示する仕組み)

可視性の確保とは、税務調査等の際に、必要なデータを速やかに検索して画面提示または出力できる要件です。具体的には以下の3項目での検索が必要となります。

  • 取引年月日

  • 取引金額

  • 取引先

【要件緩和】売上高5,000万円以下における検索要件の免除基準

検索機能の構築にはコストやシステム要件が伴うため、中小企業や個人事業主向けの「要件緩和措置」が設けられています。以前は「売上高1,000万円以下」が対象でしたが、令和6年1月施行の改正法により、「前々年度(基準期間)の売上高が5,000万円以下」の事業者に引き上げられました。

この対象事業者が、税務調査時に税務職員からの「データのダウンロード要求」および「即座の紙出力(プリントアウト)」の求めにいつでも応じられる状態にしている場合は、検索機能(日付・金額・取引先による検索)の確保要件がすべて免除されます。

電子帳簿保存法が求める2つのシステム要件(真実性の確保・可視性の確保)の全体像

▲ 電子帳簿保存法が求める2つのシステム要件(真実性の確保・可視性の確保)の全体像

自社が「検索要件免除(要件緩和)」の対象になるかどうかの判定フロー

▲ 自社が「検索要件免除(要件緩和)」の対象になるかどうかの判定フロー

電子帳簿保存法をシステム導入しないで対応する方法

高額なコストや手間の観点から「システムを導入しない」という選択肢を選ぶ場合でも、法要件に適合するための徹底した運用設計が必要です。

事務処理規程による代替運用の実務

システムを一切導入しない場合、改ざん防止の要件(真実性)は「事務処理規程」の作成・備え付けと社内周知によって代替します。国税庁のウェブサイトで配布されているサンプル規程(法人の場合は「電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程(法人用)」)を自社の組織体制に合わせてカスタマイズし、いつでも税務調査官に見せられるよう印刷、あるいはローカルサーバーに保管しておく必要があります。

ファイル名の手動リネームとフォルダでの簡易管理

システムなしで「可視性(検索要件)」を満たすためには、ファイル名そのものをルール化し、手作業でリネームしなければなりません。例えば、受領したPDFファイル名を「20260401_33000_(株)サンプル商事.pdf」のように「日付_金額_取引先名」で統一します。さらに、取引先別や月別のフォルダを作成して整理することで、パソコンのOS標準機能(エクスプローラーやFinder)を使った簡易的な検索を成立させます。ただし、この運用は件数が増えるほど負担が増し、1件のファイル名ミスや付け忘れが税務調査での指摘に直結するリスクがあります。

システム導入「あり・なし」判断フローチャート

自社が本当にシステムを導入せずに対応できるのか、それともシステムを導入すべきなのかを以下の簡易チャートで判定してみましょう。

  1. 質問1:前々年の年間売上高が5,000万円以下であるか?

    • はい → 質問2へ

    • いいえ → 検索要件が必須となるため、「システム導入を強く推奨」します。

  2. 質問2:税務調査の際、すべての電子取引データを即座にプリントアウトまたはダウンロード提供できるか?

    • はい → 質問3へ

    • いいえ → 検索機能が必要となるため、「システム導入または手動リネーム」が必須です。

  3. 質問3:月間の電子取引(メール添付、EC領収書、Web請求書など)の発生件数はどれくらいか?

    • 月50件未満 → 事務処理規程+フォルダ管理(手動リネーム)でシステムなしでも対応可能

    • 月50件以上 → 手作業でのファイル名変更は業務のボトルネックとなるため、「クラウド型等の安価なシステム導入」を推奨。

システムを導入せずに電子帳簿保存法に対応するための実務の3ステップ

▲ システムを導入せずに電子帳簿保存法に対応するための実務の3ステップ

導入時に直面する実務上の課題とは?

法制度の理解が進む一方で、実務の現場では形式的な法令遵守に追われ、本来目指すべき「デジタル化による効率化」が阻害されているケースが目立ちます。

手作業によるファイル名リネーム作業と回収漏れの限界

最も深刻な課題は、受領した膨大な電子取引データを1件ずつ手作業で「日付・金額・取引先」にリネームすることによる、現場社員の工数負担です。また、Amazonや楽天市場などのECサイトで個々が購買した領収書のダウンロード忘れや、個人メール宛に届いたPDF請求書の共有漏れといった「回収漏れ」が多発しています。

完全義務化前後におけるラクスの実態調査によると、「電子帳簿保存法に則して運用している」と答えた企業は42.3%に留まり、特に関係部署の少ない従業員30〜99名の中小企業では対応率が36.5%に留まるという現状が明らかになりました。対応している企業のうち67.7%は、こうした運用負荷を乗り越えるために「法対応クラウドシステム」を導入して手作業からの脱却を進めています。

インボイス制度との同時並行対応とシャドーITの発生

多くの企業では、電子帳簿保存法とインボイス制度(適格請求書発行事業者の番号確認等)への対応をセットで進める必要があります。しかし、受領ルートや管理方法が部署ごとにばらばらだと、現場が独自の判断でフリーのファイル共有ツールや個人用のクラウドストレージを勝手に使い始めるシャドーITの問題が発生しやすくなります。これを防ぐためには、個別のフォルダ運用にとどまらず、基幹システムや会計ソフトとの適切なデータ連携を可能にする一元的な管理プラットフォームの整備が必要です。

自社に最適なシステム選定の比較ポイントは?

電子帳簿保存法に対応するITツールを導入する場合、単なるストレージ機能だけでなく、運用の省力化と法改正への適応性を軸に選定する必要があります。

JIIMA認証(国税庁・デジタルシームレス基準適合)の有無

選定時の最優先指標は、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会が法的要件への適合性を担保する「JIIMA認証」を取得しているか否かです。JIIMA認証ソフトを選んでおけば、法的要件への適合を客観的に担保でき、社内説明の際も認証の有無を根拠として活用できます。なお、税制改正により電子化促進に向けた追加の優遇措置が検討・導入される可能性があるため、最新情報は国税庁の公式ページや税理士等の専門家にご確認ください。

AI-OCR機能と監査・税務調査時の検索性

取引件数が多い中堅・大企業、あるいは多品種の仕入れを行う小規模事業者では、「AI-OCR(画像・文字のAI読み取り)による自動入力機能」の有無が選定の分岐点になります。アップロードしたPDFから自動的に日付、金額、取引先を抽出し台帳化してくれる機能があれば、手動リネームの工数はほぼゼロになります。また、税務調査時に「特定の期間内かつ金額が10万円〜20万円、かつ取引先がA社」のように複数の複合条件で一瞬で出力できる「高度な検索・出力能力」を備えているシステムかどうかも必ず評価しましょう。

既存システムや会計ソフトとの連携性

経費精算・ERP・請求書サービスとAPI連携できる製品を選ぶことが前提になります。連携が取れていないと、後からCSVの手動アップロードという二重管理が発生します。連携先リストを先に洗い出してから製品比較を始めると、電子契約システムとの連携確認も含めた選定後の手戻りを防ぐことができます。

クラウド型サービスとオンプレミス/自社開発の比較

一般的に、頻繁に行われる法改正へスピーディーかつ自動で追従できる点から、現在のシステム選定のトレンドは「クラウド型」が圧倒的優位です。以下の特性比較を参考に選定してください。

比較項目

クラウド型サービス

オンプレミスまたは自社開発

初期費用(導入コスト)

非常に低い(月額数千円〜数万円)

高い(サーバー調達や初期開発に数百万円〜)

法改正への適応スピード

迅速(ベンダー側で無償かつ自動でアップデート)

遅い(自社でプログラム改修費・工数が発生)

他システムとのデータ連携

API連携が標準化されており、構築が容易

個別開発が必要だが、自社基幹システムに完全同期可能

システム保守・インフラ運用

不要(ベンダーがセキュリティやバックアップを管理)

必要(専任の社内インフラエンジニアや保守コスト必須)

電子帳簿保存法対応におけるよくある失敗パターンと対策

システムを導入した、あるいは事務処理規程を作ったからといって油断はできません。現場のささいな運用ミスによって、気付かぬうちに法令違反となってしまう「よくある失敗・NGパターン」を知り、事前に対策を講じておきましょう。

失敗①:スキャナ保存時、無意識に「グレースケール(白黒)」で保存し原本を破棄してしまう

紙で受け取った請求書や領収書をスキャナーで読み取って保存する「スキャナ保存」制度を利用する場合、原則として「カラー(赤・緑・青の各色256階調以上)」での保存が法的に義務付けられています(※見積書、注文書、納品書(控)、検収書など、資金や物の流れに直結しない一般書類は白黒可)。現場の複合機が標準で「白黒スキャン」に設定されたまま読み取り、確認したからといって紙の原本を破棄してしまうと、要件不適合となり、税務調査等で指摘を受ける大きなリスクとなります。

【対策】:複合機の保存設定プロファイルを「電帳法スキャン(カラー)」として固定登録する、あるいはスキャナーの代わりにスマートフォンの内蔵カメラ(通常自動でカラー撮影される)での保存をルール化し、スキャン後のチェック体制を厳格にします。

失敗②:取引先から再発行された「訂正前の請求書」を破棄してしまう

金額の相違や記載内容の間違いを理由に、取引先から請求書を再発行(訂正して再送信)してもらった際、「不要になった誤った請求書(最初のPDF)」をゴミ箱へ捨ててしまうケースが多発しています。しかし、一度メール等で受領した電子取引データは、たとえ間違いであっても「取引に至るプロセスの証跡」として、訂正前・訂正後の両方を保存・管理しなければなりません。特に適格請求書(インボイス)を扱う場合、両方を突き合わせて保存しておかないと税務調査時に不整合を突かれる要因になります。

【対策】:システム上で、訂正前の伝票と再発行された伝票を「関連ドキュメント」として紐づけて一元管理できるフォルダ構成を徹底し、「再発行を理由に電子データを削除しない」よう実務マニュアルに明記します。

失敗③:個人受領PDFやECサイト領収書のダウンロード漏れと紛失

「システムの中に格納された請求書だけが対象」と思い込み、従業員が自身のスマートフォンやパソコンで経費精算用に使用したAmazon、楽天、タクシー配車アプリなどの「Web領収書(領収データ)」をダウンロードせずに放置するケースです。数か月後に領収書の表示期限が切れ、ダウンロード不可能となってしまう致命的な紛失ミスがよく見られます。これもまた、税務調査において電帳法および法人税法等の観点から不備を指摘される典型例です。

【対策】:経費精算と一体となった領収書回収システムを導入し、ECサイト等からAPI経由で自動回収する設定を有効化します。または、月に一度「領収書・PDF保存チェック」を行うタスクを全社的に義務付けます。

電子帳簿保存法対応をDXの足がかりにした国内企業の成功事例

電子帳簿保存法への対応を「単なる法務コスト」と捉えるか、「バックオフィスの生産性を向上させるDXのチャンス」と捉えるかで、企業に返ってくる成果は大きく異なります。以下に、法改正をバネに驚異的な業務効率化やコスト削減を実現した国内の実在企業3社の成功事例を紹介します。

事例①:住友金属鉱山株式会社(大手の電子一元化事例)

  • 業種・規模:非鉄金属製造業、連結従業員数 約7,000名

  • 導入時期:2021年(電帳法対応および電子一元化プロジェクト)

  • 課題:大量の取引関係書類が全国各地の拠点や倉庫に紙で保管されており、法要件に沿った保管・検索体制の確立、保管コストの増大、管理スピードの遅さが経営層の課題となっていた。

  • 施策:電子帳簿システム「DataDelivery」を導入し、紙での保管から電子倉庫での一元管理へと転換。

  • 成果:紙保存に比べ、書類の保管スペース・保管コストを削減した。さらに、管理や監査時に数時間かかっていた証憑検索が短時間で完了できるようになり、バックオフィス人員の作業負担を大きく軽減した。

事例②:キヤノンマーケティングジャパン株式会社(監査対応とテレワーク推進事例)

  • 業種・規模:卸売・ITソリューション、連結従業員数 約15,000名

  • 導入時期:2020年(ペーパーレス推進・テレワーク移行プロジェクト)

  • 課題:経理・調達部門において、四半期決算などの監査対応時に「該当伝票と証憑」の提出を急ぎで求められた際、従来は紙の倉庫から探し出して物理コピーを用意する必要があり、多くの時間と出社手間の負担が発生していた。

  • 施策:自社サービスのデジタルドキュメント管理ソリューションを最大限に活用し、電子帳簿保存法に対応した電子保管システムを構築。

  • 成果:監査法人から証憑の確認を求められた際、インデックス情報から即座に画面に表示・提供できるようになり、数時間かかっていた証憑提出が即時対応可能になった。同時に、出社不要で決算処理が可能なテレワーク環境を整備・定着させた。

事例③:乙川畜産食品株式会社(中小企業のペーパーレスとERP連携事例)

  • 業種・規模:食肉加工・販売、従業員数 約100名

  • 導入時期:2023年(大塚商会ERP導入を伴う電帳法・インボイス対応)

  • 課題:紙による帳簿管理、手作業での給与計算や支払処理が常態化しており、法改正(電帳法およびインボイス制度)への同時対応がバックオフィスのマンパワーでは限界を迎えていた。

  • 施策:法対応ERPシステムの導入、および契約手続きの電子化、社内回覧用PDFデータのデジタルPC承認への移行など、抜本的なペーパーレス化に挑戦。

  • 成果:紙の印刷・回収・ファイリング作業を一切なくしたことで、毎月の給与計算を含む経理業務の作業時間を「2日間から4時間」へと大幅に短縮することに成功した。

よくある質問(FAQ)

Q:電子取引データを単にフォルダへ保存するだけでは不十分ですか?

A:条件によっては不十分で、法令違反となるケースがあります。前々年売上高が5,000万円超の事業者の場合、フォルダにPDFをそのまま保存するだけでは「検索要件(日付・金額・取引先での検索)」を満たせません。また売上規模を問わず、「訂正削除の履歴管理(真実性の確保)」も別途必要です。システムを使わない場合は、規則的なファイル名への手動リネームを行い、かつ改ざん防止の「事務処理規程」を整備して実務運用する必要があります。

Q:売上高5,000万円以下ならシステムを一切導入しなくても問題ありませんか?

A:前々年売上高が5,000万円以下であれば、検索要件は免除されるため、システムなしでも適法に運用できます。税務調査時にデータのダウンロードや即時の紙出力を求められた際に速やかに応じられる体制があれば問題ありません。ただし、取引件数が月50件を超えるなら、データ紛失や管理負荷のリスクを避けるためクラウドツールの導入を検討する価値があります。

Q:金額訂正前の誤った電子請求書は破棄してもいいですか?

A:いいえ、たとえ誤りがあった電子データであっても破棄してはいけません。受領したすべての電子取引データは「取引のプロセスを示す証跡」として国税関係書類と同様に保存する義務があります。誤りが発生した経緯と訂正前後の整合性を証明できるよう、再発行された正しいデータと紐づけて、訂正前の誤ったデータもシステム内に両方保存してください。

まとめ

電子帳簿保存法への対応は、単に法律違反による罰則を避けるための「守りのコスト」ではなく、煩雑な紙管理から脱却し、バックオフィスの仕組みを作り直す好機でもあります。住友金属鉱山では証憑検索が短時間で完了するようになり、乙川畜産食品では経理作業が2日間から4時間に縮まるなど、システムの適切な活用はバックオフィスの業務負荷を大きく削減できます。税制改正は継続的に行われており、本記事の情報は執筆時点のものです。システム選定や税務判断を行う際は、必ず国税庁の公式発表や税理士等の専門家に最新情報をご確認のうえ、自社に最適なシステム要件と要件緩和の適用有無を見極めましょう。まずは明日から、自社でどのような経路で電子請求書やWeb領収書が届いているか、簡単な「取引経路の棚卸し」を行うことから始めてみてください。

【今日からできるアクションチェックリスト】

  • ✅ 自社の電子取引経路(メール・EC・Web請求書等)を洗い出す

  • ✅ 前々年売上高を確認し、検索要件免除(5,000万円以下)の対象か確認する

  • ✅ 国税庁サイトから事務処理規程のサンプルをダウンロードし自社向けにカスタマイズする

  • ✅ JIIMA認証取得ツールを候補として複数ピックアップし、機能・コストを比較して2〜3製品に絞り込む

本記事の内容に誤り等がございましたら、こちらからご連絡ください。

監修

Admina Team

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