ProgOffice Enterpriseは多層的なセキュリティ対策を提供しており、特に多要素認証の導入により不正アクセスのリスクを軽減しています。具体的には、ユーザー認証（ID/パスワード）、端末認証（登録デバイスの制限）、アプリ認証の3層認証を組み合わせることで、不正ログインの防止を実現しています。また、連絡先情報を端末に保存せず、クラウド上で一元管理するシンクライアント型の運用を採用することで、端末紛失時の情報漏えいリスクを排除しています。